签章丢失的原因是因为合并操作破坏了原来的电子签章和签名数据。

使用数字证书签署过的文档，为了保证文档的有效性，正常情况下都是不允许修改的，一旦修改，也就可能导致签章丢失或无法验证其有效性。

因此，在合并文档之前，建议先将原始文档合并后，再去使用电子签章的软件进行签署文档，这样可以保证签章的有效性，并避免签章丢失的问题。

另外，如已经是签署后的文档，您可以使用福昕高级PDF编辑器自带的虚拟打印机另存出一份副本PDF，操作如下图所示：

点击打印功能，选择福昕虚拟打印机（Foxit PDF Editor Printer），勾选作为图像打印，确定弹出另存为保存。

但需要注意此另存后文档是以图片的形式输出，类似扫描了一份副本出来，是不具备签章保护无法验证文档，输出的这份副本文档就可以用来合并了。

如有问题，可以咨询在线客服。